Ciência e piedade são os dois olhos do sacerdote. Tendo isso em vista, a rotina do Seminário São José se divide essencialmente em tempos de estudo e oração.
Os aspirantes ao sacerdócio iniciam o dia recitando o Ofício Divino em latim, segundo as disposições e as rubricas de Sua Santidade o Papa São Pio X; segue-se a isso um tempo de meditação e a Santa Missa Tridentina, também ela segundo São Pio X.
Depois do café da manhã, realizam-se as aulas do currículo, no momento são principalmente as disciplinas referentes ao ano de humanidades para os alunos do primeiro ano (catecismo, história sagrada, história eclesiástica, apologética, liturgia, espiritualidade, latim e inglês); essas atividades intelectuais encerram com a recitação do Santo Terço e da hora canônica do Breviário Romano chamada Sexta.
O almoço é acompanhado de alguma leitura de cunho doutrinal ou apologético e também dá início ao tempo de recreação. Após um tempo de descanso, passa-se para a aula da tarde, um breve café e o tempo de revisão das matérias. Antes do jantar, há uma conferência espiritual ou canto gregoriano.
Na última refeição do dia se procede do mesmo modo que no almoço, com a diferença de que a leitura é da vida de algum santo ou de um eclesiástico ilustre. Lavada a louça e feito um tempo de recreio, todos recitam a hora canônica de Completas, a oração que encerra as atividades do dia.
Assim é, em linhas gerais, o dia-a-dia no Seminário São José. Nesse ritmo se preparam sacerdotes verdadeiramente católicos, homens de Deus que estarão na linha de frente da resistência ao Vaticano II e suas péssimas reformas, combatendo com a piedade e a sã doutrina os erros do modernismo.